各エリアマップにも攻略手順は記載しているが、大まかに全体の流れを把握するためのチャート。今、自分はどのへんなのかが分からなくなった人のためにも。

■ガレオン「ミネルヴァ」
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■アーヴァント村
　ドミニクと話して村の鍵をもらう。
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■エントランス
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■静寂の庭園
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■エントランス
　斬月と戦闘。ジャンプで斬月を飛び越して背後をとり、攻撃してはまた背後を……という風に戦うとラク。
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■ディアン・ケヒト大聖堂
　クラフトワークと戦闘。討伐後、エフェクティブ・シャードのクラフトワークを入手。物体を掴んで移動させることができる。
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■静寂の庭園
　御者の前にある障害物をクラフトワークでどかすと、右側へ運んでくれるようになる。馬車の後ろの方で↑キーを押すと出発。
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■双竜の塔
　塔の上のほうにはまだ行けないので、とりあえず途中の道から左へ逸れて、リブリ・エクス・マキナへ。
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■リブリ・エクス・マキナ
　アンドレアルフスと戦闘。討伐後、スキル・シャードのダブルジャンプを入手。これで、塔の上のほうへ行けるようになる。
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■双竜の塔
　ウァラクと戦闘。討伐後、近くにある金色の宝箱から臭化銀を入手。
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■アーヴァント村
　ドミニクと会話すると、証明写真を入手。
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■リブリ・エクス・マキナ
　証明写真を持った状態で O.D. と会話すると、認証板を入手。
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■魔が駆ける橋梁
　認証板を持っていれば、改札を抜けられる。斬月と共に列車に乗り込み、グラットン・トレインと戦闘。
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■地下魔導研究棟
　バティンと戦闘。ディレクショナル・シャードのリフレクションレイを入手。ワープゾーンでディアン・ケヒト大聖堂へ。
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■ディアン・ケヒト大聖堂
　反射板を利用してリフレクションレイで上へ。位置はエリアマップを参考に。その先でブラッドレスと戦闘。討伐後、トリガー・シャードのブラッドスティールを入手。
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■エントランス
　血の池でブラッドスティールを使い、地下へ。
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■禁忌地下水洞
　ディシーマ（063）からディレクショナル・シャードのアクアストリームを入手。100 ％ドロップではないので、落とすまでがんばる。アクアストリームを使って水中を進んで行く。
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■隠匿されし砂漠
　アルフレッドと戦闘。戦闘後、エレベーターで１つ下の部屋へ行き、スキル・シャードのディープシンカーを入手。
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■禁忌地下水洞
　マップ左方にリフレクションレイを使って先へ進める隙間がある。リフレクションレイを水中で使うためにディープシンカーが必要。
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■裏・魔導研究棟
　ドッペルゲンガーと戦う。
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■灼岩炎窟
　オロバスと戦闘。討伐後、スキル・シャードのインバートを入手。
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■双竜の塔
　エレベーターを通り過ぎた先でインバートを使い、塔の外周、上のほうにあるアイギスの胸当てを入手。
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■エントランス
　入口の縦に長いホールを、インバートで上がる。トゲトゲ地帯があるので、アイギスの胸当てを着込んで突破。途中にアイアンメイデンの罠があるので、クラフトワークで移動させる。
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※トロフィー／実績狙いの人は、この先へ進む前に、終焉の間にいるジーベルと戦って倒しておくこと。ゲームオーバーになるが、こうしないと獲得できないトロフィー／実績がある。
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■東洋魔導研究棟
　斬月と再戦。戦闘後にもう１度話しかけると、斬月刀を託される。
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■終焉の間
　ジーベルと戦闘。
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※トロフィー／実績狙いの人は、まず、ジーベルと普通に戦って倒すこと。「斬月刀を託される前にジーベルを倒す」、「斬月刀を託された後にジーベルを倒す」で、２種類のトロフィー／実績があるため。
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トロフィー／実績を獲得したら、 今度はジーベルをある程度攻撃して、背景の月が赤くなったのを確認した後に、月を斬月刀で斬ると戦闘終了。グレモリーが姿を現す。 （※ネタバレのため伏せています。黒い部分にマウスカーソルを合わせると表示されます。スマホ／タブレットの場合は、黒い部分を１回押すと表示されるっぽい……？）
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■静寂の庭園
　赤い月が印象的だった通路があると思うが、そこで月を斬月刀で斬ると、グレモリーが再び逃走。巨獣区へ行けるようになる。
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■巨獣区
　アルフレッドや斬月たちとの会話イベント。黒幕が誰なのかが判明する。先へ進み、ヴァレファールと戦闘。
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■永久氷棺
　リブリ・エクス・マキナで覇者の書を借りたままだと、途中の小部屋で O.D. と戦闘になる。覇者の本が貸し出されない場合は、マップ踏破率を 99.00 ％以上に上げること。逆に、強すぎて勝てなくて進めないという場合は、本を返却しておくと出てこない。
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　奥へ進むと、グレモリーと戦闘。ディレクショナル・シャードのディメンジョンシフトを入手。
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　さらに奥へ進むと、ディメンジョンシフトを使わないと進めない場所がある。その先で○○○○と戦闘。倒すと、バエルと連戦となる。○○○○が乗り移っている部位を攻撃する必要がある。倒すと、エンディング。
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　エンディングのスタッフロールを飛ばさずに見ると獲得できるトロフィー／実績がある。