本編をクリア後、名前入力画面で「MARIA」と入力することで、マリアがプレイヤーキャラクターとなるマリアモードがプレイできる。セガサターン版や、iOS / Android 版では最初から選択可能。マリアモードが初めて登場したのはセガサターン版だったが、セガサターン版マリアは飛び蹴りや三段ジャンプ、四聖獣がどれも強力と、性能がケタ違いだったためか、PSP 版以降、大きく弱体化された。

　リヒターモードと同様、成長要素はなく、悪魔城→逆さ城と進行してシャフトを倒せばクリアーとなる。残念ながらマリアモード絡みのトロフィーは存在しないので、完全に趣味の領域といえるモード。

　リヒターのハイドロストームのような技がないため、難度は高い。ただ、通常の移動速度が速く、リヒターと同様の無限ハイジャンプに加え、空中でも連続で出せるダッシュや二段ジャンプも持っていることから、移動面では３キャラ中最強を誇る。

■PSP / PS4 / iOS / Android 版の技リスト（※技コマンドは右向き時）

　サブウェポンは「玄武」「青龍」「白虎」「朱雀」の四聖獣と、「マリアの人形」の計５種類。
　マリアの人形は「サブウェポンなし」の状態に戻す物だが、このときにアイテムクラッシュを使うと、分身が前方に向かって猛打する技 “ガーディアンズナックル” を出すことができる。

　基本的にリヒターモードと同じなので、最短ルートマップはリヒターモードのページを参照。

　他機種版とはマリアの性能が大きく異なるため、別ゲーと言ってもいいレベルになっている。アルカードやリヒターと比べても圧倒的に強く、『血の輪廻』のマリアが成長したらこうなるだろうという納得感がある。 ハートの他に MP ゲージがあるのも特徴で、MP は HP と同様にセーブポイントで全快し、時間経過でも少しずつ回復していく。

■セガサターン版の技リスト（※技コマンドは右向き時）